遺産分割での遺産の評価は、遺産分割を行う時点での時価ということになります。
遺産分割時を評価の基準時としますので、相続開始から遺産分割までの価値変動が反映されることになります。
 

遺産分割調停において、非上場株式の評価が問題になっても、専門家（公認会計士など）による鑑定が実施されることは少ないとも言われています。
これは、上記のように、明確な判断基準が確立されているわけではないことや、ある程度の幅のある判断要素が含まれているため、多額の費用をかけて鑑定を行ったとしても、関係者の納得が得られるとは限らない（＝遺産分割の成立につながらない）ことが理由の一つです。
 

生前贈与や遺言によって、非上場株式が誰の帰属か決まっているかどうかは調停の進行に影響を与えます。
生前贈与や遺言により帰属が決まっているのであれば、特別受益としてどのように評価するのかの問題です（なお、特別受益の場合は、相続開始時点で評価するため、評価時点も異なります。）。
非上場株式の取得者の立場としては、既に取得が決定しているため、無理に遺産分割調停を成立させなければいけないわけでもありません。できるだけ非上場株式の評価が低くなれば経済的なメリットが生じますので、上記の相続税評価額による評価を主張することでもよいわけです。

他方で、非上場株式の帰属が決まっていない場合、その会社の経営に関与する立場の相続人としては、株式を早期に取得しなければ会社経営に支障が生じる事態もあり得るため、遺産分割調停を成立させる必要に迫られます。
そのような状況で株式の価値を低く主張すると、他の相続人の納得を得られず、協議が長引いてしまうことも考えられますし、低い評価額であれば自らが相続したいと他の相続人が言い出すかもしれません。
そのため、低い評価額を主張することが難しくなり（このようなときは、土地などの重要な資産について時価に評価替えした修正純資産額が評価の目安になることが多いです。）、株式を取得する代わりに多額の代償金を支払う必要が生じることも考えられます。

このような点から、経営に関与し株式の取得を望む相続人の立場としては、遺産分割で株式の取得者を決定するような事態は避けたいところです。